美国GRC公司：Glen Research Corp 创建于1987年，专注于为DNA和RNA寡核苷酸的化学合成，修饰，标记和纯化提供zui广泛的亚磷酰胺和固体支持物，现已有近三十年的历史，在低聚核苷酸及修饰、改性领域一直处于地位。

结构/活动关系

以下产品用于研究当关键结构元件改变时对寡核苷酸活性的影响。7-脱氮嘌呤单体缺乏对氢键合关键的基团。7-Deaza-8-aza-A和7-deaza-8-aza-G（PPG）单体是A和G的异构体，并且具有相似的电子密度。它们在寡核苷酸中的存在相对于A和G略微稳定。与G不同，PPG不会导致聚集，并且可以容易地制备和分离富含G的寡核苷酸。在5'-末端具有PPG的5'-荧光素寡核苷酸比等同的G寡核苷酸淬灭得少得多。作为胸苷的嘌呤类似物，7-脱氮-2'-脱氧黄嘌呤核苷（7-deaza-dX）有望对三链体的DNA结构产生有趣的影响。7-Deaza-dX还与2,4-二氨基嘧啶核苷类似物形成非标准碱基对。标准核碱基具有未共享的电子对，其突出到双链DNA的小沟中。与DNA，聚合酶，逆转录酶，限制酶等相互作用的酶可以使用氢键供体基团与小沟中的氢键受体接触。3-Deaza-2'-deoxyadenosine非常有趣，因为它保持了常规Watson-Crick氢与T键合的能力，但缺乏通常由N3提供的3-位的电子对。

稳定性说明

7-Deaza-dG对碘氧化不稳定。使用碘氧化时多添加2次，或在无水乙腈中使用0.5M（10-樟脑磺酰基） - 氧杂氮丙啶（CSO），3分钟。氧化时间。（参见Glen Report-Vol.9，,1996，第8页。）

知识产权

7-Deaza-8-aza-dG（PPG）仅用于研究目的，不得用于商业，临床，诊断或任何其他用途。本产品受Epoch Biosciences，Inc。的所有权所有，并由Epoch Biosciences，Inc。许可制造和销售。本产品不存在商业用途的隐含许可，许可必须直接从Epoch Biosciences获得，有关本产品任何拟议商业用途的公司。“商业用途”包括但不限于产品的销售，租赁，许可或其他转让或从中衍生或生产的任何材料，销售，租赁，许可或其他授权使用产品或任何衍生材料或由其生产，或使用本产品为第三方收取服务（包括合同研究）。

Eclipse，Gig Harbor Green，Redmond Red和Yakima Yellow是Epoch Biosciences，Inc。的商标。

参考（S）

1. IV Kutyavin等，Nucleic Acids Res。，2002,30,4952-4959。

结构/活动关系（第2部分）

与dU相比，C-核苷2'-脱氧假尿苷形成稳定的C：pseudoU-A三联体。2-氨基嘌呤缺乏对氢键有关的基团，是一种温和的荧光基质。

对于寡核苷酸结构的研究，对硫修饰碱基的需求继续扩大，但主要用于交联目的。6-Thio-dG，4-硫代-dT和4-硫代-dU是用于光交联和光亲和标记实验的非常有用的修饰。含有2-硫代-dT的寡聚物可用作通过作为光敏探针检测蛋白质-DNA相互作用。2-硫代-dT中的硫代羰基特别令人感兴趣，因为它可与与DNA的小沟相关的化合物反应。2-氨基-A形成非常稳定的碱基对，其中T含有三个氢键，但碱基对与2-硫代-T的稳定性大大降低。由于胸苷的2-硫基和2-氨基-A的2-氨基之间的空间相互作用，碱基对仅含有一个氢键。

稳定性说明

6-硫代-dG，4-硫代-dT和4-硫代-dU被保护为S-氰基乙基醚，其在合成期间是稳定的并且易于通过氢氧化铵除去。向用于脱保护的氢氧化铵中加入50mM氢硫化钠（NaSH）是至关重要的。特别是如果进行室温脱保护，该技术从根本上降低了氨解的水平，这将导致不希望的胺化碱。此外，还希望在氢氧化铵裂解和脱保护之前除去氰乙基保护基团（在乙腈中1M DBU，2-5小时/ RT）。

其他仪器类型

所有次要碱基，RNA产物和改性剂都包装在适合ABI和其他仪器的隔膜小瓶中。如果您想要其他类型的样品瓶/色谱柱，请将以下内容添加到目录号的末尾。

结构/活动关系（第3部分）

由于存在另外的氨基，8-氨基-dA和8-氨基-dG可用于三链体形成。

2'-脱氧黄嘌呤核苷（dX）是天然存在的核苷，其可以衍生自2'-脱氧鸟苷（dG）的氧化脱氨基。dX具有与胸苷相似的键合模式，并且它可以与dA碱基配对，这种嘌呤 - 嘌呤相互作用导致双重失真。dX还尝试用新的碱性对dX和嘧啶-2,4-二胺核苷扩展遗传字母表。dX也对DNA损伤和修复领域的研究人员感兴趣，因为它是一氧化氮诱导的诱变产物。

稳定性说明

含有8-氨基-dG的合成寡核苷酸必须被裂解并用含有0.25M 2-巯基乙醇的氢氧化铵去保护，以避免8-氨基-dG位点的氧化降解。

卤化核苷

溴化和碘化核苷用于寡核苷酸结构的结晶学研究。它们也是光不稳定的，用于交联研究以探测蛋白质-DNA复合物的结构。Br-dU存在抗体，含有Br-dU的寡核苷酸可用作探针。

稳定性说明

含有abromo或碘基的寡核苷酸按常规制备，除了在室温下在氢氧化铵中进行脱保护24小时。在这些条件下，卤素基团的降解小于2％。

其他仪器类型

所有次要碱基，RNA产物和改性剂都包装在适合ABI和其他仪器的隔膜小瓶中。如果您想要其他类型的样品瓶/色谱柱，请将以下内容添加到目录号的末尾。

DNA损伤/修复

细胞DNA不断受到氧化和烷基化，自由基以及紫外线和电离辐射的破坏。因此，身体已经进化出许多修复酶系统来切除和修复这些病变。8-氧代嘌呤单体可以研究含有8-氧代突变的寡核苷酸的结构和活性，当DNA经受氧化条件或电离辐射时，该突变是天然形成的。5,6-二氢嘧啶是天然存在的化合物，其是丙氨酸转移RNA的结构组分。二氢尿嘧啶和羟基嘧啶是通过将DNA暴露于电离辐射而形成的主要碱基损伤产物。

稳定性说明

含有8-氧代-dG的合成寡核苷酸必须用含有0.25M 2-巯基乙醇的氢氧化铵裂解和去保护，以避免8-氧代-dG位点的氧化降解。

使用浓氢氧化铵或50mM碳酸钾在无水甲醇中裂解使用5,6-二氢-dU或5,6-二氢-dT和UltraMILD单体合成的寡核苷酸。*裂解和去保护可在室温下在2-4小时内完成，而不损害二氢-dU或二氢-dT碱基。

其他仪器类型

所有次要碱基，RNA产物和改性剂都包装在适合ABI和其他仪器的隔膜小瓶中。如果您想要其他类型的样品瓶/色谱柱，请将以下内容添加到目录号的末尾。

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DNA损伤/修复（第2部分）

8-氨基-G与8-氧代-G一起形成，作为由2-硝基丙烷引起的DNA损伤中形成的主要诱变损伤。2-硝基丙烷是一种工业溶剂，是油漆，染料和清漆的组分，也存在于香烟烟雾中。当胸腺嘧啶经受氧化应激（包括电离辐射）时，形成胸腺嘧啶二醇（5,6-二羟基-5,6-二氢胸腺嘧啶）。胸苷的5,6双键的氧化在C5和C6处产生两个手性中心。产生顺式-5R，6S形式作为主要产物以及其他非对映异构体顺式-5S，6R形式。DNA中胸苷二醇的存在具有显着的生物学后果，并且许多生物具有用于切除该病变的特异性修复酶。 

发生DNA中核苷残基的水解以产生无碱基位点。常见的是，dA位点被水解，导致脱嘌呤并导致无碱基残基。对于试图确定其DNA化学合成中的脱嘌呤来源是否是试剂，流体或基于方案的研究人员，我们提供抗脱嘌呤的dA单体。一种新的化学方法允许使用非常温和的特定条件在双链和单链寡核苷酸中产生无碱基位点，并且副反应的可能性非常低。初的Abasic亚磷酰胺（10-1924）已经停产，因为它表现出低耦合效率，并且后合成化学是相当具有挑战性的。Abasic II Phosphoramidite1是制备真正无碱基位点的替代品。该产物具有简单的优点，即使用乙酸水溶液在合成后除去甲硅烷基。dSpacer也被成功地用作高度碱不稳定的abasic的模仿。

稳定性说明

含有8-氧代-dG的合成寡核苷酸必须用含有0.25M 2-巯基乙醇的氢氧化铵裂解和去保护，以避免8-氧代-dG位点的氧化降解。

使用浓氢氧化铵或50mM碳酸钾在无水甲醇中裂解使用5,6-二氢-dU或5,6-二氢-dT和UltraMILD单体合成的寡核苷酸。*裂解和去保护可在室温下在2-4小时内完成，而不损害二氢-dU或二氢-dT碱基。

参考（S）

1. K. Groebke和CJ Leumann，Helv Chim Acta，1990,73,608-617。

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DNA损伤/修复（第3部分）

所有生物体中DNA损伤的主要来源之一是太阳光的紫外线成分。UV光对DNA诱导的主要反应是邻近的嘧啶碱基的二聚化，导致环丁烷二聚体（CPD）。以显着量形成的二聚体是两个胸腺嘧啶碱基的顺式 - 顺式环丁烷二聚体。虽然常规形成，但这些二聚体产物通过核苷酸切除修复（NER）被酶促地有效切除和修复，或者通过光解酶逆转二聚化。另一种氧化损伤模式是辐射诱导的DNA损伤，已经证明它可以导致桥接的环核苷。尽管还检测到环嘧啶，但主要形成嘌呤，环-dA和环-dG。Cyclo-dA具有双重吸引力，因为它含有受损的碱基和受损的糖残基，因此应具有相当大的生物学影响。以类似于胸腺嘧啶二聚体的方式，环嘌呤引起常规DNA螺旋的显着变形，并且这些损伤不是通过碱基切除修复（BER）而是通过NER修复的。

仪器类型

对于这些非常昂贵的亚磷酰胺，ABI隔膜小瓶是标准小瓶。将E添加到目录号。对于加速小瓶或V到目录号。用于加速V小瓶。

DNA损伤/修复（第4部分）

基底切除修复（BER）是研究多的修复机制之一。在该途径中，DNA糖基化酶识别受损的碱基并通过N-糖苷键的水解来催化它们的切除。试图了解DNA糖基化酶识别DNA损伤的结构基础受到这些酶与其DNA底物短暂结合的阻碍。为了克服这个问题，哈佛大学的Verdine小组合成了一种吡咯烷类似物，它模拟了酶 - 底物复合物的带电过渡态。当纳入双链DNA时，他们发现吡咯烷类似物（PYR）作为吡咯烷-CE亚磷酰胺引入，与DNA糖基化酶AlkA形成极其稳定的复合物，

点击DNA和RNA连接

使用Click Chemistry将含有5'-叠氮化物的寡聚物与含有3'-炔丙基的寡聚物连接，得到三唑键，其已显示具有体内生物相容性。该技术已被用于合成长达300个碱基的DNA构建体。当将得到的三唑键置于PCR模板中时，各种聚合酶能够正确地复制序列。还显示该连锁与转录和滚环扩增以及大肠杆菌中的基因表达相容。在RNA世界中，已显示在底物切割位点含有三唑键的锤头状核酶保留其活性。设想了这种生物相容性化学连接的多种应用。在汤姆布朗的帮助下提供对这项技术的支持

生物相容性三唑连接

参考（S）

1. AH El-Sagheer，AP Sanzone，R。Gao，A。Tavassoli和T. Brown，Proc Natl Acad Sci USA，2011,108,11383-43。
2. AH el-Sagheer和T. Brown，Chem Commun（Camb），2011,47,12057-8。
3. AP Sanzone，AH El-Sagheer，T。Brown和A. Tavassoli，Nucleic Acids Res，2012。
4. A.Dallmann等，Chemistry，2011,17,14714-7。
5. AH El-Sagheer和T.Brown，Proc Natl Acad Sci USA，2010,107,15329-34。

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微小RNA的5'-标记

已经开发了几种用于检测miRNA的方法，然而，很少有方法可以同时检测多种miRNA。为了克服这种分析缺陷，斯图加特大学的Richert小组近开发了一种巧妙的方法来选择性检测微阵列上的miRNA，而不受内源前mRNA，mRNA和其他RNA种类的干扰。在该方法中，通过原位激活微RNA，将含有3'-氨基-dT和5'报道分子的短寡核苷酸以一步法化学连接到微RNA上。这通过利用与其他RNA不同的miRNA被5'-磷酸化的事实来特别实现。该反应是模板指导的（因此序列特异性的）并且可以与酶促3'-延伸/标记一起进行，无论是在解决方案中还是在支持上。短DNA标记链可以以多种不同标记中的一种​​为特征，例如生物素组或荧光团。

参考（S）

1. H. Vogel和C. Richert，ChemBioChem，2012,13,1474-82。
2. R. Eisenhuth和C. Richert，Journal of Organic Chemistry，2008,74,26-37。
3. E. Kervio，A.Hochgesand，UE Steiner和C. Richert，Proc Natl Acad Sci USA，2010,107,12074-9。

2'-5'连接的寡核苷酸

细胞DNA和RNA由通过3'-5'磷酸二酯键连接在一起的核糖核酸和2'-脱氧核糖核酸组成，并且远远包含细胞中发现的大量多核酸。更不常见的是具有2'-5'键的寡核苷酸。然而，2'-5'连接的寡核苷酸的*特征是它们选择性结合互补RNA的能力。这些特征表明2'-5'连接寡核苷酸的许多有趣用途，例如它们用作RNA特异性探针或用于反义寡核苷酸。近，使用3'-脱氧-2'-亚磷酰胺和2'-脱氧-3'-亚磷酰胺合成寡核苷酸以产生具有2'-5'连接末端和3'-5'连接中心区的嵌合体。发现2'-5'硫代磷酸酯寡核苷酸：1）以与磷酸二酯寡核苷酸相同的亲和力选择性结合互补RNA; 2）表现出与细胞蛋白的非特异性结合; 3）不激活RNase H.否则正常寡核苷酸的3'末端的3'-脱氧核苷有效阻断聚合酶延伸。

其他仪器类型

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诱变

细胞多核苷酸通过内源组分（例如S-腺苷甲硫氨酸）烷基化，或者在与两类一般环境和实验室化学品反应后烷基化。SN1化学试剂包括烷基亚硝基脲和N-烷基-N-硝基-N-亚硝基胍，其与鸟嘌呤的N7位，腺嘌呤的N3，鸟嘌呤的O6，嘧啶的O2或O4以及磷酸的非磷酸二酯氧原子反应。骨干。相反，SN2化学试剂如甲磺酸甲酯和*主要与腺嘌呤（1-甲基-2'-脱氧腺苷）的N1位和胞嘧啶的N3反应。当使用DCI作为活化剂时，为了避免合成过程中的链支化，N6-Me-dA具有乙酰基保护作用。