花菁素 5.5 亚磷酰胺单体（10-5916）Glen Research产品说明

一、产品描述

产品名称：Cyanine 5.5 Phosphoramidite（花菁素 5.5 亚磷酰胺单体）

产品货号：10-5916

品牌：Glen Research

产品规格：本品提供 0.25 g、100 µmol、50 µmol 三种包装规格，具体包装形式可根据实验需求选择。

化学名称：1-[3-(4-monomethoxytrityloxy)propyl]-1'-[3-[(2-cyanoethyl)-(N,N-diisopropyl)phosphoramidityl]propyl]-3,3,3',3'-tetramethyl-4,5-benzindodicarbocyanine iodide

分子式：[C68H76N4O4P]+I-

分子量：1171.25

CAS 号：916753-58-7

稀释液：无水乙腈

推荐储存条件：-10 至 -30°C 冷冻干燥保存

溶液稳定性：溶解后 2-3 天内使用

Cyanine 5.5 Phosphoramidite 是一种用于寡核苷酸合成的花菁素荧光标记试剂，属于 Cyanine（花菁素）系列染料衍生物。该系列产品包括 Cyanine 3、Cyanine 3.5、Cyanine 5 和 Cyanine 5.5，它们在结构上的差异主要体现在共轭多烯链的长度上。Cyanine 5.5 具有较长的波长特性，适用于近红外区域的荧光检测应用。

二、产品特点

1. 亚磷酰胺单体形态，可直接用于固相寡核苷酸合成仪自动化合成，无需额外标记步骤，通过标准亚磷酰胺偶联反应将花菁素 5.5 荧光基团引入寡核苷酸链指定位置。

2. 花菁素染料通常以 5' 末端单次添加方式标记，其携带的 4-单甲氧基三苯甲基（MMT）保护基应在合成仪上脱除。

3. MMT 阳离子的吸收（黄色）与 DMT 阳离子（橙色）存在明显差异，因此基于吸光度的三苯甲基监测器可能将其误判为低偶联效率；电导检测器对脱保护过程的判断相对准确。

4. 本品亦可用于邻近 3' 末端的标记位置；Glen Research 另提供 Cyanine 3 与 Cyanine 5 固相载体，用于更简便地制备 3' 端花菁素标记的寡核苷酸。

5. 针对近红外成像应用，Glen Research 同时提供水溶性 Disulfo-Cyanine 7 叠氮化物，可通过标准点击化学反应与 DNA 和 RNA 偶联，在溶解性、聚集倾向及近红外光谱稳定性方面有所改善。

三、储存条件

1. 推荐在 −10 至 −30°C 冷冻、干燥条件下保存。本品为亚磷酰胺类试剂，对水分较为敏感，保存环境应保持干燥。

2. 开封后注意密封保存，避免吸潮与反复冻融，取用过程尽量缩短瓶口暴露时间。

3. 溶解于无水乙腈后的溶液建议在 2–3 天内使用完毕，以保持偶联效率；稀释后试剂不宜长期存放，建议按实际用量配制。

四、工作原理

1. 活化与偶联：荧光亚磷酰胺单体在活化剂作用下形成活性中间体，与固相载体上寡核苷酸链的 5' 羟基发生偶联反应，将花菁素 5.5 荧光发色团经连接臂共价连接至寡核苷酸骨架。

2. 氧化成键：偶联完成后经标准氧化反应，将亚磷酰胺转化为稳定的磷酸三酯键，随后进入下一轮合成循环。

3. 脱除 MMT 保护基：荧光单体添加完成后需在合成过程中脱除 MMT 保护基，使荧光染料暴露，再进入链切除与全脱保护步骤。

4. 全脱保护与纯化：含花菁素染料的寡核苷酸可使用氨水在室温下全脱保护，不受单体碱基保护基类型限制；如需高温氨水处理，建议在 65°C 下将暴露时间限制在 2 小时以内，并优先选用碱基可裂解保护基的单体。

五、解决实验中的哪些问题

1. 在近红外区域进行荧光检测的寡核苷酸探针制备中，Cyanine 5.5 的长波长特性有助于降低背景荧光干扰，提高检测信噪比。

2. 对需要在 5' 端或 3' 端引入荧光标记的寡核苷酸合成项目，使用本品可在合成仪上直接完成标记，减少合成后标记步骤及相关副反应，提升标记效率均一性。

3. 为核酸杂交、实时定量 PCR、荧光原位杂交（FISH）等应用中的荧光标记寡核苷酸探针提供标记原料。

4. 在需要避免高温处理的敏感寡核苷酸体系中，本品支持氨水温和脱保护方案，有助于降低对寡核苷酸链与荧光基团的损伤风险。

六、使用方法

1. 偶联条件：推荐使用 0.25M ETT 活化剂，偶联时间建议为 2 分钟；优先采用 UltraMild 合成条件，碘氧化液浓度建议使用 0.02M，以避免花菁素染料降解。

2. 脱保护条件：采用 UltraMILD 试剂时，室温下使用 0.05M 碳酸钾甲醇溶液脱保护 4 小时，或使用氨水脱保护 2 小时；采用标准碱基保护时，室温下以氨水脱保护 24–36 小时可获得可接受产率，但此后需进行反相纯化。

3. 纯化建议：含花菁素染料的寡核苷酸建议采用反相高效液相色谱（RP-HPLC）或 Glen-Pak™ 反相纯化柱进行纯化，以去除未标记寡核苷酸与截短序列。

4. 操作注意事项：本品为光敏性物质，操作时应尽量避免长时间光照；溶解与稀释过程应使用无水乙腈；偶联后的寡核苷酸在脱保护前应避免过度干燥。

七、常见问题与解决方案

问题 1：偶联效率偏低

可能原因是活化剂浓度不足或偶联时间偏短。建议确认活化剂浓度为 0.25M ETT，并将偶联时间延长至 2 分钟；同时检查亚磷酰胺单体的溶解状态与溶液新鲜度，溶解后超过 3 天的试剂活性可能下降。

问题 2：荧光标记产物纯度不高

含荧光染料的寡核苷酸与未标记序列在疏水性上存在差异，建议采用反相纯化方式分离，如使用 Glen-Pak™ 反相纯化柱或 RP-HPLC，并优化梯度条件以获得较好的分离效果。

问题 3：脱保护后产物出现降解

花菁素 5.5 在高温氨水处理下的稳定性有限。建议优先采用 UltraMild 合成试剂并在室温下脱保护；如必须使用高温条件，应控制 65°C 处理时间在 2 小时以内。

问题 4：三苯甲基监测器显示偶联值异常低

这是由于 MMT 阳离子与 DMT 阳离子的吸收特性不同，导致吸光度型监测器误判，属正常现象，不代表实际偶联效率低下；如使用电导检测器，可获得更准确的脱保护信息。

问题 5：试剂储存后活性下降

亚磷酰胺单体对水分敏感，应严格在 −10 至 −30°C 冷冻干燥条件下保存，开封后尽快使用，溶解后的溶液建议在 2–3 天内用完，每次取用注意密封，避免反复冻融。

问题 6：荧光信号强度不足

可检查荧光标记是否位于预期位置，确认 MMT 保护基已在合成过程中成功脱除；同时确认检测仪器的激发与发射波长是否与 Cyanine 5.5 的光谱特性匹配，必要时参考该染料的光谱特征参数进行调整。

八、安全提示

1. 本品为科研用途试剂，仅供专业实验室使用，不用于临床诊断或治疗。

2. 操作时请佩戴适当的个人防护装备，包括防护手套、护目镜与实验服，避免吸入粉尘或接触皮肤。

3. 如不慎接触皮肤或眼睛，应立即用大量清水冲洗并寻求医疗建议。

4. 废弃试剂应按照实验室化学品废弃物处理规范进行处置。如需本批次产品的安全数据表（SDS）与分析证书（COA），可通过 Glen Research 对应页面查询或向供应商申请。

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更多产品信息，请联系中国区域代理商：上海起发实验试剂有限公司

（注：本文内容基于品牌公开资料及行业常规信息整理，具体以品牌信息文档为准。）